Ústav chemie přírodních látek jako vědecko-pedagogický ústav VŠCHT Praha vznikl transformací vědecko-výzkumného pracoviště Laboratoře monosacharidů VŠCHT, jejímž předchůdcem byla Laboratoř heterocyklických sloučenin. Historie ústavu je tak úzce spjata s osobností Prof. dr. Rudolfa Lukeše, DrSc., který se stal po skončení 2. světové války vedoucím katedry organické chemie. (http://chemicke-listy.cz/Bulletin/bulletin282/970213.html), (http://chemicke-listy.cz/Bulletin/bulletin282/970214.html) 
V roce 1952 bylo pro Prof. Lukeše, jako řádného člena Československé akademie věd, ustanoveno specializované vědecké pracoviště při ČSAV nazvané Laboratoř heterocyklických sloučenin. Jeho zaměstnanci se stali někteří pracovníci z katedry organické chemie VŠCHT a dalších pracovišť; mezi nimi byli uznávaní odborníci v organické chemii a v chemii přírodních látek, např. Doc. Ing. dr. Karel Bláha, CSc. (na obrázku s molekulou), Prof. Ing. Jiří Jarý, DrSc., Ing. dr. Josef Jizba, CSc., Ing. dr. Jan Kovář, CSc., Ing. Josef Němec, CSc., Ing. dr. Jiří Pliml, CSc., Ing. Alena Zobáčová, CSc. a další. Rozvíjena byla zejména chemie alkaloidů, ve které byla studována např. konfigurace sedaminu, hygrinu, hygrolinu nebo halostachinu. Dalším rozvíjeným tématem byla chemie monosacharidů. V rámci vědecké činnosti v základním výzkumu pracoviště provádělo i pedagogickou činnost v oblasti vědecké výchovy aspirantů. Osobností Prof. Lukeše byla činnost „akademické“ laboratoře velmi úzce spjata s činností katedry organické chemie. Oběma pracovištím sloužila společná servisní laboratoř organické elementární analýzy. Byly pořádány společné každotýdenní konference s referáty o nově publikovaných poznatcích v odborných časopisech. Ze spolupráce s pracovníky katedry organické chemie (Prof. Ing. dr. Ivan Ernest, Prof. Ing. dr. Miloš Hudlický a další) vzniklo tehdy rovněž rozsáhlé rešeršní dílo „Preparativní reakce v organické chemii“ (10 svazků, vědecký redaktor Prof. Ing. dr. Vladimír Bažant, DrSc.).
Po smrti Prof. Lukeše v říjnu 1960 převzal vedení personálně obměněné Laboratoře heterocyklických sloučenin Prof. Ing. Jiří Jarý, DrSc., který posunul dosavadní program vědeckého výzkumu převážně směrem k chemii sacharidů. V roce 1961 byla laboratoř včleněna do struktury VŠCHT jako vědecko-výzkumné pracoviště, které od roku 1963 neslo název Laboratoř monosacharidů. Pracoviště bylo v prvé fázi své existence spravováno děkanátem Fakulty chemické technologie a v roce 1974 přešlo na Fakultu potravinářské a biochemické technologie. V Laboratoři monosacha
ridů byli vychováváni mladí vědečtí pracovníci, ale pracovníci laboratoře se podíleli i na pedagogické činnost fakulty. Prof. Ing. Jiří Jarý, DrSc. (na obrázku vpravo, vlev
o s Prelogema Červinkou) zpravidla vedl 1 - 3 diplomanty, obvykle z katedry chemie a technologie sacharidů FPBT, přednášel předmět Chemie sacharidů a vědečtí pracovníci laboratoře se podíleli na výuce laboratoří z biochemie a laboratoří oboru. Byla vydána skripta Chemie a analytika sacharidů (R.Bretschneider, J. Jarý, K. Čapek), která na dlouhou dobu představovala jediný ucelený pohled na sacharidy dostupný v českém jazyce. Pracovní skupiny vedené vědeckými pracovníky řešily státní výzkumné projekty a zčásti též úkoly v rámci smluvní vedlejší hospodářské činnosti. Laboratoř monosacharidů brzy dosáhla světového uznání díky odborné erudici vědeckých pracovníků: Doc. Ing. Karel Čapek, DrSc. (chemie aminodeoxysacharidů a sacharosy), Ing. Alena Zobáčová, CSc. (synthesa deoxysacharidů), Doc. Ing. Karel Kefurt, CSc. (chemie aldonových kyselin a jejich derivátů) a Doc. RNDr. Jan Staněk, CSc. (chemie aminodeoxysacharidů, analytické metody). Společným nosným tématem bylo studium parciální reaktivity hydroxylových skupin. Sestavu vědeckých pracovníků doplňovala Ing. Věra Dienstbierová, CSc. 
(radioprotektivní sloučeniny, tajemnice laboratoře, na obrázku vlevo pp. Dienstbierová, Doležal, Jizba, Ferles, Prelog), Ing. Stanislav Doležal, CSc. (chemie leukotrienů) a od roku 1980 i Doc. Ing. Jitka Moravcová, CSc. (analytické metody, chemie deoxypentos). Od roku 1970 chyběli v kolektivu vědeckých pracovníku Ing. dr. Jan Kovář, CSc. (stereochemie, aminodeoxysacharidy) a Ing. Josef Němec, CSc. (redukce aldonolaktonů, laboratorní technika), autor 
dodnes používané Němcovy stavebnice, souboru laboratorního skla účelově zaměřeného na semimikropreparace v organické synthese). Oba se úspěšně uplatnili na pracovištích v Kanadě a USA. S oběma pracovníky bylo udržováno neformální spojení a oba po roce 1990 laboratoř navštívili. V roce 1997 věnoval dr. Němec svou odbornou knihovnu VŠCHT; část tohoto velkorysého daru byla využita ústřední knihovnou k doplnění a výměnám, část je k dispozici v knihovně ústavu. V 80. letech byla laboratoř částečně zapojena do projektu syntézy prostaglandinů, která nakonec vyústila k realizaci výroby těchto sloučenin v Neratovicích, a vyřešen byl způsob výroby kancerostatikaTamoxifenu pro Lachemu Brno (Doc. Ing. Karel Čapek, DrSc.). Vypracovaná metodika stanovení jednoduchých cukrů pomocí kapalinové 
chromatografie na iontoměniči byla zavedena jako on-line kontrolní metoda v celulosce Paskov (Doc. RNDr. Jan Staněk, CSc.).
V prosinci 1989 byl zvolen do funkce vedoucího Laboratoře monosacharidů Doc. RNDr. Jan Staněk, CSc. (na obrázku vpravo) Po přijetí nového vysokoškolského
zákona v roce 1991 se laboratoř stala vědecko-pedagogickým ústavem VŠCHT s názvem Ústav chemie přírodních látek, s právem výchovy vlastních diplomantů ve studijním oboru „Chemie a analýza potravin“ se zaměřením na chemii přírodních látek a doktorandů v oboru organická chemie. Od roku 2000 byla v čele ústavu Doc. Ing. Jitka Moravcová, CSc. (na obrázku vlevo) Za prvých deset let existence Ústavu chemie přírodních látek zde úspěšně ukončilo svá studia 54 inženýrů a 6 doktorů.
V roce 2005 byla Prof. Moravcová ustanovena do funkce prorektorky VŠCHT a vedoucím ústavu se stal Prof. Dr. RNDr. Oldřich Lapčík, (foto vpravo, níže).