Ústav chemie přírodních látek je vybaven moderními přístroji umožňujícími syntézu, izolaci a detailní strukturní analýzu biologicky aktivních molekul. Přístrojové zázemí podporuje výzkum v oblasti chemie přírodních látek, bioorganické chemie, medicinální chemie a chemické biologie.

K dispozici jsou přístroje pro organickou syntézu, chromatografickou separaci a strukturní charakterizaci sloučenin, včetně pokročilých spektroskopických a hmotnostně-spektrometrických metod. Významnou součástí vybavení jsou například NMR spektrometry, UHPLC/MS systémy, chromatografické aparatury a další analytické přístroje používané pro studium struktury a biologické aktivity přírodních látek a jejich syntetických analogů. 

Tyto technologie umožňují detailní charakterizaci molekul, studium jejich interakcí s biologickými cíli a vývoj nových biologicky aktivních sloučenin s potenciálním využitím v medicíně, biotechnologiích a analytické chemii.

Přístrojové vybavení je využíváno nejen ve výzkumu, ale také při výuce studentů bakalářského, magisterského a doktorského studia, kteří se tak mohou již během studia seznámit s moderními experimentálními metodami.